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El supercomputador de la Universidad de Oriente es un sistema GNU/Linux de procesamiento en paralelo para ejecutar grandes códigos de computación que requieren mucho tiempo y potencia de cálculo.

**Misión**: 
  * Proveer una infraestructura de HPC y Big Data a los investigadores de las Universidades, así como dar soporte y entrenamiento a los usuarios
  * Ser parte de la red académica de supercómputo HPC-Cuba, que comprende los HPCs de la Universidad Central de Las Villas, la Universidad de Oriente y BioCubaFarma.

**Lema**: 

Dando poder a los investigadores.

===== Aviso importante =====

Se ha realizado una nueva instalación del HPC UO para actualizar el sistema operativo y las aplicaciones. Ahora el mismo está formado por dos clústeres con los siguientes recursos computacionales:

^Nodo de conexión^Servidor^Cantidad^Procesador^Cores/nodo^RAM/nodo(GB)^Conexión|
|log2.uo.hpc.cu|DELL Power Edge C6145|14|AMD Opteron 6136|16 (CPU)|64|InfiniBand 40 Gbps |
|login.uo.hpc.cu|DELL R720|1|Intel Xeon E5-2609 (Sandy Bridge-EP)|4 (CPU) \\ 2560 (GPU)|48|Infiniband 40 Gbps |

A partir del 16 de octubre de 2023, para el trabajo en el HPC UO, se procederá de la siguiente forma:

**1. Para cálculos con GPU**

Se mantiene la misma forma de acceso y envío de los trabajos.\\
- Para iniciar sesión: <nombre_usuario_actual>@login.uo.hpc.cu\\
- Se usan los scripts de envío actuales.

**2. Para cálculos con CPU**

Los dos únicos cambios son la forma de acceder al clúster y de cargar los módulos.\\
- Para acceder al clúster: <nombre_usuario_actual>@log2.uo.hpc.cu (Note el **log2**)\\
- Para los detalles de la forma de cargar los módulos en los scripts de envío vea la [[start#Datos del clúster para cálculos con CPU|sección]].)

**3. Cronograma de migración** 

Los usuarios podrán migrar sus directorios de trabajo al //log2// desde el 27 de septiembre hasta el 15 de octubre de 2023. 

===== Datos del clúster para cálculos con CPU =====

**Hardware**

Nodo de conexión: log2.uo.hpc.cu. 16 núcleos de procesadores y 64 GB RAM.\\ 
Nodos de cálculos: c01-c13. Cada uno con 32 núcleos de procesadores y 64 GB RAM.\\
Interconexión: Infiniband 40 Gbps

**Sistema de Ficheros**

- Directorio Home:\\
Camino: ~\\
Los directorios //home// de los usuarios están exportados por NFS. Use el directorio //home// para archivar los ficheros de trabajo. Tenga en cuenta que a estos directorios no se les realiza respaldo.

- Directorio scratch:\\
Camino: /scratch\\
Tamaño: 2 TB\\
El directorio /scratch está exportado por NFS. Se usa para almacenar los ficheros temporales creados por las aplicaciones.\\
En /scratch están creados los subdirectorios g09/ y g16/ para los ficheros temporales de las aplicaciones Gaussian 09 y 16 respectivamente.También tiene un subdirectorio users/ en el que los usuarios pueden crear subdirectorios personales para almacenar los ficheros temporales de sus cálculos.

**Administrador de Recursos/Cola**

El administrador de recursos es SLURM.

^Partición/Cola^Descripción^Límite de tiempo|
|//public//|Todos los nodos de cómputo tienen 32 núcleos de procesadores|Ninguno|

**Software**

Para trabajar con las aplicaciones hay que cargar previamente los módulos correspondientes. El único cambio que hay que hacer en el script de envío es el siguiente:

<code>
# Cargar módulos
module purge
module load /opt/apps/easybuild/modules/all
module load <modulo1> <modulo2> ...
</code>

A continuación, se presentan las aplicaciones más usadas y los módulos a cargar:

^Aplicaciones^Módulos a cargar|
|AutoDock-Vina|AutoDock-Vina/1.1.2-linux_x86|
|AutoDock|AutoDock/4.2.6-GCC-10.3.0|
|Bison|Bison/3.8.2|
|CASTEP|CASTEP/23.1|
|CMake|CMake/3.18.4-GCCcore-10.2.0|
|DFTB Plus|DFTB+/22.2|
|EasyBuild|EasyBuild/4.6.2|
|FFTW|fftw/3.3.10|
|Gaussian|gaussian/g09 o gaussian/g16| 
|GCC|GCC/10.3.0|
|GNU12|gnu12/12.2.0|
|GROMACS|GROMACS/19|
|GULP|GULP/5|
|Julia|Julia/1.8.2-linux-x86_64|
|LAMMPS|LAMMPS/20190807|
|LAPACK|LAPACK/3.9.1-GCC-10.2.0|
|M4|M4/1.4.18-GCCcore-8.3.0|
|Matlab|matlab/R2020a|
|make|make/4.3-GCCcore-10.2.0|
|OpenBLAS|OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0|
|OpenMPI|OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0|
|QuantumESPRESO|QuantumESPRESSO/6.5|
|R|gnu12/12.2.0  openmpi4/4.1.4 R/4.2.1| 
|Perl|Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0|
|ScaLAPACK|gnu12/12.2.0  openmpi4/4.1.4 scalapack/2.2.0|
|Anaconda3|Anaconda3/2022.05 (Ver Nota2)|
|Miniconda3|Miniconda3/4.9.2 (Ver Nota 2)|
|Python|(Ver Nota 2)|

**Nota 1** – Los restantes módulos pueden verse con el comando:

<code>module available</code>

**Nota 2** – No hay ninguna versión de Python instalada y cada usuario puede instalar la versión de su preferencia para trabajar. Se recomienda el uso de //entornos virtuales//. Por favor, vea la documentación sobre [[https://packaging.python.org/guides/installing-using-pip-and-virtual-environments|entornos virtuales]] o [[https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html#activating-an-environment|conda]].