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====== GAUSSIAN ======

[[http://www.gaussian.com|Gaussian]] es un programa //ab initio// de química cuántica muy usado en el campo de la química computacional.
 
Gaussian se puede ejecutar en serie y en paralelo, dependiendo de la complejidad del cálculo. Para moléculas sencillas de relativamente pocos átomos basta el cálculo en serie. Para moléculas con un gran número de átomos hay que usar el cálculo en paralelo con una consecuente disminución del tiempo de cálculo.

Gaussian se ejecuta con el comando //g09// y tiene como entrada de datos un fichero con terminación .com.

**1. Cálculo en serie**

Para el cálculo en serie, no se deben incluir las directivas //%nproc=// y //%LindaWorkers=// en el fichero de entrada (.com).

Para ejecutar //g09// con el fichero //gaussian_serie.com//, se especifica lo siguiente en el script de Slurm:

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
...
module load gaussian 
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
$g09root/g09/bsd/clearipc
...
g09 gaussian_serie.com 
</code>

**2. Cálculo en memoria compartida**

Gaussian puede hacer cálculos en memoria compartida usando la biblioteca //Linda//. 

Para un cálculo de este tipo, tienen que incluirse las directivas //%nproc=[procesadores_necesarios]// y //%LindaWorkers=[nombre_del_nodo_solicitado]// en el fichero de entrada (.com).

<code>
...
%nproc=8
%LindaWorkers=nodo13
...
</code>

Se debe seleccionar un nodo en estado libre (//idle//), consultando para ello el comando //sinfo//. 

Para ejecutar en el nodo //nodo013// el comando //g09// con los datos del fichero //gaussian_mcompartida.com//, se especifica en el script de Slurm:

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8    # 8 procesos o hilos
#SBATCH --nodelist=c14
...
module load gaussian 
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
$g09root/g09/bsd/clearipc
...
g09 gaussian_mcompartida.com 
</code>

En el script anterior se ha especificado que se quiere usar 1 nodo (nodo013) y 8 procesos (hilos).

{{ :wiki:examplesgaussian.tar.gz |Descargar ejemplos}}.