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====== AUTODOCK ======

Autodock es una suite de herramientas para //docking// automatizado. Está designado para predecir cómo pequeñas moléculas se enlazan en las cavidades de receptores de estructura 3D conocida. 

La distribución de Autodock consiste en dos generaciones de software, Autodock4 y Autodock Vina. Más recientemente, se ha desarrollado AutoDock-GPU, una versión acelerada de AutoDock4 que es cientos de veces más rápida que el código de acoplamiento original de una sola CPU.

Vea los detalles para trabajar con [[hpc-script-autodockvina|Autodock Vina]] y 
[[hpc-script-autodockgpu|AutoDock-GPU]] en el HPC UO. 

Para la ejecución en serie se utiliza [[http://autodock.scripps.edu/|Autodock4]].  Para la ejecución en paralelo se utiliza //mpAD4//.

**Envío**

Para enviar un cálculo de Autodock4 a partir del fichero de parámetro //parameterfile//, en el script de Slurm hay que especificar:

<code>
#!/bin/bash
...
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
...
module load AutoDock
...
# Ejecutar el trabajo
autodock4 -p parameterfile -l logfile
</code>